Η Σπιναλόγκα έχει καταστεί παγκόσμια γνωστή, κυρίως λόγω της πιο πρόσφατης ιστορίας της, αφού αποτέλεσε το μέρος που φιλοξένησε τους λεπρούς της Ελλάδας για πολλά χρόνια. Ωστόσο η οχύρωση της Σπιναλόγκας με το περίφημο στρογγυλό φρούριο έχει μια ιστορία πολύ πιο παλιά, που οδηγεί στην Ενετική κατοχή.
Στο νησί των 85 στρεμμάτων, που βρίσκεται στον όρμο του Αγίου Νικολάου, οι Βενετοί δημιούργησαν ένα ισχυρό φρούριο επάνω στα ερείπια της αρχαίας οχύρωσης. Σύμφωνα με όσα έχουν καταγραφεί το στρογγυλό φρούριο της Σπιναλόγκας είχε αρχικά χρησιμοποιηθεί για στρατιωτικούς σκοπούς, μια και χρησίμευσε ιδιαίτερα στην “παρενόχληση” των Τούρκων κατά τον κρητικό πόλεμο.
Η σημαντική στρατιωτική του σημασία είχε καθοριστεί από τη γεωγραφική του θέση. Ο κόλπος της Ελούντας εξυπηρετούσε στο μέγιστο το εμπόριο των Ενετών και για αυτό το λόγο ήθελαν να τον προστατεύσουν και να τον οχυρώσουν με τον καλύτερο δυνατό τρόπο. Ωστόσο, όπως έχει σημειώσει ο Ενετός χαρτογράφος Βιντσέντσο Κορονέλλι, η Σπιναλόγκα δεν ήταν πάντα νησί, αλλά ήταν φυσικά ενωμένη με την γειτονική χερσόνησο Κολοκύθα. Κατά τον Κορονέλλι ένα τμήμα της χερσονήσου καταστράφηκε από τους Ενετούς το 1526 και δημιούργησαν το νησί που ήταν ήδη οχυρωμένο από την αρχαιότητα. Ο κύριος στόχος που είχαν ήταν να προστατευθεί η είσοδος στο λιμάνι της αρχαίας πόλης.
Επιπλέον, αξίζει να αναφερθεί οτι το πραγματικό όνομα του νησιού δεν είναι Σπιναλόγκα. Πριν την ενετική κατάληψη το νησί ονομαζόταν Καλυδών και ονομάστηκε στα λατινικά “spina lunga” το οποίο σημαίνει «μακρύ αγκάθι». Μέσα από την παράφραση της ενετικής ονομασίας προέκυψε η σημερινή Σπιναλόγκα.
